برای اجرای مدل WRF لازم است داده‌های اولیه  که در خروجی برنامه WPS فراهم شده به زیر شاخه run از شاخه اصلی WRFV3 منتقل شود.همچنین باید از طریق ترمینال از شاخه مربوط به WPS خارج شده و به زیر شاخه run از WRFبروید.

پیش از اجرای مدل نیاز است فایل متنی namelist.input ویرایش شود. فایل مذکور به عنوان مثال می‌تواند شامل اطلاعاتی به صورت زیر باشد:

 &time_control 
 run_days                            = 0, 
 run_hours                           = 12, 
 run_minutes                         = 0, 
 run_seconds                         = 0, 
 start_year                          = 2000, 2000, 2000, 
 start_month                         = 01,   01,   01, 
 start_day                           = 24,   24,   24, 
 start_hour                          = 12,   12,   12, 
 start_minute                        = 00,   00,   00, 
 start_second                        = 00,   00,   00, 
 end_year                            = 2000, 2000, 2000, 
 end_month                           = 01,   01,   01, 
 end_day                             = 25,   25,   25, 
 end_hour                            = 00,   12,   12, 
 end_minute                          = 00,   00,   00, 
 end_second                          = 00,   00,   00, 
 interval_seconds                    = 21600 
 input_from_file                     = .true.,.true.,.true., 
 history_interval                    = 180,  60,   60, 
 frames_per_outfile                  = 1000, 1000, 1000, 
 restart                             = .false., 
 restart_interval                    = 5000, 
 io_form_history                     = 2 
 io_form_restart                     = 2 
 io_form_input                       = 2 
 io_form_boundary                    = 2 
 debug_level                         = 0 
 / 

 &domains 
 time_step                           = 180, 
 time_step_fract_num                 = 0, 
 time_step_fract_den                 = 1, 
 max_dom                             = 1, 
 e_we                                = 74,    112,   94, 
 e_sn                                = 61,    97,    91, 
 e_vert                              = 28,    28,    28, 
 p_top_requested                     = 5000, 
 num_metgrid_levels                  = 27, 
 num_metgrid_soil_levels             = 2, 
 dx                                  = 30000, 10000,  3333.33, 
 dy                                  = 30000, 10000,  3333.33, 
 grid_id                             = 1,     2,     3, 
 parent_id                           = 0,     1,     2, 
 i_parent_start                      = 1,     31,    30, 
 j_parent_start                      = 1,     17,    30, 
 parent_grid_ratio                   = 1,     3,     3, 
 parent_time_step_ratio              = 1,     3,     3, 
 feedback                            = 1, 
 smooth_option                       = 0 
 / 

 &physics 
 mp_physics                          = 3,     3,     3, 
 ra_lw_physics                       = 1,     1,     1, 
 ra_sw_physics                       = 1,     1,     1, 
 radt                                = 30,    30,    30, 
 sf_sfclay_physics                   = 1,     1,     1, 
 sf_surface_physics                  = 2,     2,     2, 
 bl_pbl_physics                      = 1,     1,     1, 
 bldt                                = 0,     0,     0, 
 cu_physics                          = 1,     1,     0, 
 cudt                                = 5,     5,     5, 
 isfflx                              = 1, 
 ifsnow                              = 0, 
 icloud                              = 1, 
 surface_input_source                = 1, 
 num_soil_layers                     = 2, 
 sf_urban_physics                    = 0,     0,     0, 
 / 

 &fdda 
 / 

 &dynamics 
 w_damping                           = 0, 
 diff_opt                            = 1, 
 km_opt                              = 4, 
 diff_6th_opt                        = 0,      0,      0, 
 diff_6th_factor                     = 0.12,   0.12,   0.12, 
 base_temp                           = 290. 
 damp_opt                            = 0, 
 zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000., 
 dampcoef                            = 0.2,    0.2,    0.2 
 khdif                               = 0,      0,      0, 
 kvdif                               = 0,      0,      0, 
 non_hydrostatic                     = .true., .true., .true., 
 moist_adv_opt                       = 1,      1,      1,     
 scalar_adv_opt                      = 1,      1,      1,     
 / 

 &bdy_control 
 spec_bdy_width                      = 5, 
 spec_zone                           = 1, 
 relax_zone                          = 4, 
 specified                           = .true., .false.,.false., 
 nested                              = .false., .true., .true., 
 / 

 &grib2 
 / 

 &namelist_quilt 
 nio_tasks_per_group = 0, 
 nio_groups = 1, 
 /

توضیح و تفسیر هریک از پارامتر‌های استفاده شده در namelist به صورت مبسوط در راهنمای کاربری مدل و در وب‌گاه مدل به نشانی http://www.esrl.noaa.gov/gsd/wrfportal/namelist_input_options.html به طور کامل آورده شده است.پس از اعمال تغییرات مورد نظر و ذخیره آن، مدل آماده اجرا می‌باشد.در نظر داشته باشید اطلاعات زمان شروع و پایان انتگرال گیری و تفکیک و نقاط شبکه در namelist برنامه WPS و WRF باید دقیقاً یکسان باشد در غیر اینصورت اجرای مدل با خطا مواجه خواهد شد(یکی از رایج تریم خطاهای زمان اجرا!). در مرحله اول لازم است شرایط مرزی برای مدل فراهم شود. اینکار با اجرای دستور زیر امکان‌پذیر است:

> ./real.exe

اگر اجرا موفقیت آمیز باشد پیغام ‘real_em: SUCCESS EM_REAL INIT’ در انتها نشان داده خواهد شد و فایل‌هایی با نام wrfinput_d01 و wrfbdy_d01 باید تولید شده باشند. مرحله آخر اجرای دستور مربوط به شروع انتگرال گیری به صورت زیر است:

> ./wrf.exe

انتگرال گیری بسته به زمان، تعداد و تفکیک شبکه تعریف شده در namelist مدل و سخت‌افزار رایانه شما، می‌تواند از بیش از نیم ساعت تا روزها طول بکشد. پس از اتمام کار مدل، فایلهایی به شکل کلی <wrfout_d<domain>_<date باید تولید شده باشند که date تاریخ شروع انتگرال گیری است (مثلاً : wrfout_d01_2000-01-24_12:00:00).

تگ: